大分子相互作用蛋白鑒定是深入理解目標分子作用機制的基礎。細胞很多重要功能都是生物大分子以及大分子與信使分子相互作用的介導的，包括信號傳導、基因表達調控、細胞生理功能的執行。生物大分子的相互作用包括DNA、RNA和蛋白質互相作用蛋白。常用的研究策略包括Pull-down實驗，免疫共沉淀（Co-IP）和串聯親和純化（Tandem affinity purification，TAP）以及酵母雙雜交等。

1、核酸與核酸互作

miRNA可以與mRNA結合調節體內基因的表達，通過影響蛋白的表達、修飾、酶活性等來調節生命活動的進行。lncRNA作為體內的ceRNA，可以與miRNA結合起到調節基因表達的作用。研究lncRNA與miRNA的相互作用對于研究生命具有重要的意義。通過MS2-RIP和靈敏度更高的雙螢光素酶技術，來研究lncRNA和miRNA的相互作用。

2、核酸-蛋白互作

蛋白與核酸的相互作用廣泛存在于生命活動的調節中?；虻膹椭?、轉錄、翻譯、修飾等過程都離不開核酸和蛋白的互作。

3、蛋白-蛋白，蛋白與抗體互作

蛋白是生命活動的執行者，可以以單一分子或者復合體形式執行生命活動。蛋白分子間相互作用是蛋白分子組建復合體、執行功能的一個途徑。

4、小分子化合物與蛋白互作

篩選和發現小分子藥物結合靶點蛋白是解析藥物作用機理和藥物研發的基礎。

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